Внутрішньопородна мінливість свиней великої білої породи на основі поліморфізму мікросателітів ДНК

Abstract

У роботі наведені результати аналізу генетичного різноманіття та структури чотирьох популяцій свиней великої білої породи, що розводяться в різних племінних господарствах України, з використанням 12 локусів мікросателітів ДНК (SW24, S0155, SW72, SW951, S0386, S0355, SW240, SW857, SW0101, SW936, SW911 і S0228). При аналізі внутрішньо- і міжгрупової мінливості було ідентифіковано 158 алелей 12 використаних локусів. Абсолютне число алелей (Na) і ефективне число алелей (Ae) варіювали від 6,25 (Na) і 3,40 (Ae) до 10,25 (Na) і 5,63 (Ae) алелей на локус. Результати перевірки на рівновагу Харді-Вайнберга свідчать про те, що для всіх поліморфних локусів має місце відхилення від рівноважного стану (p <0,05) мінімум в одній з популяцій. Результати аналізу молекулярної варіанси (AMOVA) показують, що 12,2% загальної генотипової мінливості визначається відмінностями між популяціями. Коефіцієнт фіксації Райта (Fst) для різних локусів варіював від 0,037 (SW72) до 0,581 (SW911), із середнім значенням - 0,148 ± 0,049. Середні оцінки Fis і Fit для всіх використаних локусів складають 0,163 ± 0,026 і 0,287 ± 0,047, відповідно. Позитивне значення Fis для всіх локусів в досліджених популяціях, ймовірно, відображає підрозділів загальній популяції на субпопуляції внаслідок підвищення инбредності в нечисленних групах особин.

The genetic diversity and structure of four populations of Large White breed pigs grown in various breeding farms in Ukraine, using 12 microsatellite DNA loci (SW24, S0155, SW72, SW951, S0386, S0355, SW240, SW857, SW0101, SW936, SW911 and S0228) were studied. When analyzing intra- and inter-group variability, 158 alleles of the 12 analyzed loci were identified. The total number (Na) and effective number (Ae) of alleles varied from 6.25 (Na) and 3.40 (Ae) to 10.25 (Na) and 5.63 (Ae) alleles per locus. The Hardy-Weinberg equilibrium test (HWE) showed that all of the polymorphic loci deviated from HWE (p < 0.05) in at least one population. The Analysis of Molecular Variance (AMOVA) showed that 12.2% of the total genotypic variation was due to differences between populations. Wright’s fixation index (Fst) per locus varied from 0.037 (SW72) to 0.581 (SW911), with a mean value of 0.148 ± 0.049. The mean Fis and Fit values for all loci were 0.163 ± 0.026 and 0.287 ± 0.047, respectively. The positive Fis value for all loci in the studied populations probably reflects the division of the general population in subpopulations due to the inbreeding accumulated in small groups of individuals.

В работе приведены результаты анализа генетического разнообразия и структуры четырех популяций свиней крупной белой породы, разводимых в различных племенных хозяйствах Украины, с использованием 12 локусов микросателлитов ДНК (SW24, S0155, SW72, SW951, S0386, S0355, SW240, SW857, SW0101, SW936, SW911 и S0228). При анализе внутри- и межгрупповой изменчивости было идентифицировано 158 аллелей 12 использованных локусов. Абсолютное число аллелей (Na) и эффективное число аллелей (Ae) варьировало от 6,25 (Na) и 3,40 (Ae) до 10,25 (Na) и 5,63 (Ae) аллелей на локус. Результаты проверки на равновесие Харди-Вайнберга свидетельствуют о том, что для всех полиморфных локусов имеет место отклонение от равновесного состояния (p < 0,05) минимум в одной из популяций. Результаты анализа молекулярной вариансы (AMOVA) показывают, что 12,2% общей генотипической изменчивости определяется различиями между популяциями. Коэффициент фиксации Райта (Fst) для различных локусов варьировал от 0,037 (SW72) до 0,581 (SW911), со средним значением – 0,148 ± 0,049. Средние оценки Fis и Fit для всех использованных локусов составляют 0,163 ± 0,026 и 0,287 ± 0,047, соответственно. Положительное значение Fis для всех локусов в исследованных популяциях, вероятно, отражает подразделенность общей популяции на субпопуляции вследствие повышения инбредности в малочисленных группах особей.